Za osobiste bezpieczeństwo Hitlera odpowiadała Służba Bezpieczeństwa Rzeszy - RSD, którą dowodził SS-Brigadenführer Rattenhuber. RSD składało się z dwóch grup. Do każdej z nich należało po dziesięciu funkcjonariuszy służby kryminalnej i kilkunastu członków gwardii przybocznej Hitlera. Funkcjonariusze RSD mieli nakaz, aby w czasie służby nie przebywać razem i bez potrzeby nie rozmawiać, a przede wszystkim nie wchodzić do schronu Hitlera chyba, że podyktowane to było koniecznością dokonania kontroli palacza lub robotników pracujących przy tym obiekcie. Jeśli Hitler przebywał poza swoim schronem, funkcjonariusz RSD musiał tak daleko trzymać się od Führera, aby zbliżające się do niego osoby można było zatrzymać, nie przeszkadzając przy tym Hitlerowi.

Za ochronę zewnętrzną kwatery odpowiedzialny był zmotoryzowany batalion przyboczny Führera (FBB), który do lipca 1944 r. urósł do wielkości pułku. Był wyposażony w czołgi, działa przeciwlotnicze oraz broń ciężką. Niedaleko Gołdapi, w odległości ok. 75 km od Kętrzyna, stacjonowała jednostka powietrzno-desantowa. Nad bezpieczeństwem Wilczego Szańca czuwały poza tym oddziały nasłuchu, których zadaniem było wykrywanie samolotów w promieniu do 100 km.

Maskowanie Wilczego Szańca powierzono wyspecjalizowanej firmie ogrodniczej "Seidenspinner" ze Stuttgartu. Większość zbudowanych tu obiektów posiadała płaskie dachy z zagłębieniami od 10 do 30 cm Były one wypełniane ziemią, w której sadzono krzewy, siano trawę i ustawiano sztuczne drzewa. Na krawędzi dachów wielu obiektów znajdowały się metalowe łuki w kształcie odwróconej litery "U". Pomiędzy nimi a rosnącymi obok drzewami rozciągnięte były siatki maskujące. Z lotu ptaka całość sprawiała wrażenie gęstego lasu. Skuteczność maskowania sprawdzano za pomocą zdjęć lotniczych.

Niezależnie od tego stosowano bardzo wyrafinowane maskowanie psychologiczne. Polegało ono m. in. na tym, że ludzie pracujący przy budowie Wilczego Szańca posiadali cywilne paszporty. Aż do 21 czerwca 1941 r. pozwalano na przelot nad Wilczym Szańcem rosyjskiego samolotu liniowego, kursującego między Moskwą a Berlinem. W ten sposób sugerowano, że budowane w lesie obiekty nie mogą mieć istotnego wojskowego znaczenia.

Mimo, zdawałoby się, rygorystycznie przestrzeganych zasad bezpieczeństwa, zdarzyło się w Wilczym Szańcu kilka zdumiewających przypadków wejścia osób obcych na teren kwatery. Peter Hoffmann pisze m.in.: "W sierpniu 1943 r. podczas zmiany warty, pewna Polka nieumyślnie przekroczyła zewnętrzną strefę bezpieczeństwa niedaleko strażnicy "Wschód" (Ost). Szła ona wzdłuż torów w kierunku zachodnim i dopiero przy wartowni Zachód została zatrzymana" (13, s.215). Brak informacji o tym, co się z nią później stało.